به تعبیر دیگر آیا تاثیر بوم بر علم، تنها از جنس تاثیر عوامل غیرمعرفتی بر آن بوده یا اینکه خود، بخشی از عوامل معرفتی آن است؟ واضح است که اگر بوم، در زمره عوامل غیرمعرفتی علم باشد، انتقال علم از یک فرهنگ و جامعه، به فرهنگ و جامعه دیگر به سهولت و در غیر این صورت، به سختی ممکن خواهد بود. از آنجا که جوامع انسانی در پنهانی‌ترین لایه‌های خود دربردارنده مشترکات انسانی هستند، در هر صورت، امکان انتقال علم از جایی به جای دیگر همواره وجود دارد. نتیجه منطقی این دیدگاه، پیوسته بودن تاریخ و جوامع انسانی و امکان پشتیبانی کردن تجارب بشری از یکدیگر است. البته صورت‌های مختلف پشتیبانی مذکور - که خود نتیجه نحوه تعامل جوامع و فرهنگ‌ها با یکدیگر هستند - نتایج متفاوتی از قبیل تصرف، استخدام، تقلید، اقتباس و تاسیس را در پی دارد. بر این اساس،‌ در هر جامعه‌ای انحائی از علم می‌توانند وجود داشته باشند: علم تصرفی، علم استخدامی، علم تقلیدی، علم اقتباسی و علم تاسیسی. معنا و مبنای علم بومی علم «بومی» واژه‌ای انتقادی در برابر تفسیر «جهان‌وطنی» و غیرمقید به فرهنگ‌ها و بوم‌ها از علم است. غرب که تا حدود زیادی سیطره خود بر جهان معاصر را مدیون بسط علومش است، با طرح نظریه جهان‌وطنی علم، درصدد شکستن مقاومت فرهنگ‌های غیرغربی در برابر خود بود. ناکارآمدی تدریجی علوم مذکور در جهان غیرغرب، باور جهان‌وطنی را به چالش کشید و نظریه علم بومی و «معرفت در زمینه» را جرقه زد و حتی در خود دنیای غرب مقبولیت عام یافت. از آنجا که بوم در جهان اسلام، بیش از هر عامل دیگر متاثر از «اسلام» است، علم بومی در عالم مذکور، تقریباً همان «علم اسلامی» خواهد بود. بر این اساس، دنیای غرب و روشنفکران وابسته به آن، اگر علم بومی را ضرورت اصلاح و بسط علم غربی بدانند -حتی در صورت عدم اعتقاد به عالم اسلامی- باید ناخواسته و به نحو پارادوکسیکالی به علم اسلامی و الزامات آن تن دهند. در این صورت، اگر تاثیرات بوم اسلامی به‌صورت حداکثری در تغییر علوم موجود اعمال شود، چه بسا که نه فقط به «تهذیب» علوم موجود، بلکه به «تاسیس» علومی جدید منجر شود. تفاوت روان‌شناسی با جامعه‌شناسی در این است که در روان‌شناسی تلاش می‌شود، تا منظومه روابط درونی انسانی و تاثیر‌شان بر روابط بیرونی افراد مطالعه شود و در جامعه‌شناسی مطالعه مجموعه روابط بیرونی انسانی و تاثیرشان بر روابط درونی افراد مورد بررسی و تحلیل قرار می‌گیرد. در روان‌شناسی تاثیر تشخصات فردی بر تشخصات اجتماعی و در جامعه‌شناسی تاثیر تشخصات اجتماعی بر تشخصات فردی بحث می‌شود. در رویکردهای تک‌ساحت‌نگر امکان شناخت جامع (و حتی غیرجامع، اما اطمینان‌بخش) هیچ‌یک از دو منظومه روابط درونی و بیرونی انسانی وجود ندارد. پیچیدگی‌های روابط انسانی - که هرچه علم به جلوتر آمده‌، در فهم آن‌ها احساس عجز بیشتری نموده - وقتی در مقیاس روابط اجتماعی ضرب می‌شود، چنان متورم شده که درک آن‌ها از ظرفیت‌ علومی چون روان‌شناسی، جامعه‌شناسی و... بسیار فراتر می‌رود. بی‌شک در رویکردهای چندساحتی که امکان رصد دقیق‌تر منظومه روابط انسانی وجود دارد، علوم مذکور، دقیق‌تر و واقع‌بین‌تر تولید خواهند شد. بر این اساس، در بوم‌های اسلامی به دلیل چندساحت‌نگری اسلام و اشتمالش بر «انباء‌الغیب»، امکان تولید روان‌شناسی و جامعه‌شناسی بسیار متفاوتی از آنچه در غرب است، وجود دارد. بر اساس نگرش‌های غیردینی، جوامع انسانی به لحاظ مادی بر محور «امکانات و ابزار» و به لحاظ صوری بر محور «قرارداد» و بر اساس نگرش دینی (به‌ویژه دین اسلام)، هم به لحاظ مادی و هم به لحاظ صوری بر محور «انسان کامل» ساخته شده و قابل تحلیل می‌گردد. از این‌رو، تفاوت مهم جامعه‌شناسی مادی و دینی در این است که در جامعه‌شناسی مادی، جامعه انسانی با عواملی غیرانسانی و در جامعه‌شناسی دینی، با عامل انسانی ساخته و پرداخته می‌شود. قرار گرفتن انسان کامل ـ که بر اساس دریافت درون‌دینی، همان حجت خدا است ـ در مرکز ثقل جامعه انسانی باعث می‌شود تا قواعد و معیارهای ارزیابی رشد و انحطاط جامعه متفاوت از قواعد و معیارهای موجود باشد؛ بدین معنی که لازم می‌گردد تا هرگونه علم ناظر به راهبری جامعه، اصالت و عدم اصالتش را با حجت الهی و رسالت‌های وی محک زند. به‌عنوان مثال؛ اگر رسالت حجت، تحقق تامّ و تمام مکارم اخلاق باشد، علوم ناظر به راهبری جامعه نیز پیشرفت خواهند یافت. همچنان‌که ارزیابی رشد و انحطاط جامعه نیز با شاخص «اخلاق» صورت خواهد گرفت. گذار از نظریه‌های کلاسیک علم قرن‌هاست که فیلسوفان علم تحت تاثیر ارسطو، فرآیند شکل‌گیری شناخت و معرفت را در مکانیزم‌های ذهنی و دسته‌بندی‌های منطقی جست‌وجو کرده و روش استدلال و برهان را بهترین ورودی برای علم‌آموزی معرفی کرده‌اند. امروزه اما ضمن اذعان به اهمیت استدلال و برهان، «ذهن» از مرکزیت پروژه علم خارج شده و جای خود را به «قلب» داده است. مباحثی که امروزه تحت عنوان «تقدم اراده بر فهم» و یا «علم به‌مثابه عمل و نه صرفاً یک مفهوم» و... مطرح می‌شود، به وضوح بیانگر گذار از نظریه‌های کلاسیک علم است. بر اساس نظریه‌های جدید درباره علم، «میل» یا همان «احوال قلب» نقطه آغاز تصرف علمی معرفی می‌شود. از این‌رو، نظریه‌های جدید علم در مقایسه با نظریه‌های کلاسیک آن بسیار مستعدتر از همراهی و هم‌سویی با «دین» هستند؛ چراکه هم موطن هر دو، قلب است و هم ماهیت هر دو، «نیایش». بر اساس نظریه‌های جدید علم، هم ماهیت و هم ضرورت «علم دینی» به مراتب آسان‌تر از نظریه‌های کلاسیک آن قابل تبیین است. به لحاظ تاریخی نیز شاهد آن هستیم که هرچه رابطه قلب و معرفت دقیق‌تر تبیین شده‌اند، زمینه‌های روانی پذیرش نظریه‌های علم دینی فراهم‌تر شده است. پروژه علم، پروژه‌ای اجتماعی است و بر این اساس، حتی نابغه‌ترین انسان‌ها به تنهایی قادر به تولید و بسط آن نیستند. با توجه به این نکته که شاخص‌های جغرافیایی و نام‌های اعتباری به معنی دقیق کلمه نمی‌توانند اجتماع انسانی را مرزبندی کنند، علم نیز ماهیتی فراجغرافیایی پیدا می‌کند. از این‌رو، هرگونه تولید علمی، ناگزیر از توجه به «تاریخ جهانی علم» بوده و این البته به معنی تایید هر آن چیزی که به نام علم ثبت شده نیست، بلکه هر قضاوت جدیدی درباره علم ناگزیر از اتخاذ موضع درباره مولفه‌ها، روش‌ها، نتایج و ابزار موجود آن است. اجتماعی و جهان‌وطنی بودن علم، منافاتی با انتساب آن به یک دین خاص مثل اسلام ندارد؛ چراکه علم دینی نه به معنی آن چیزی است که توسط دین‌داران و با تکیه بر عالم دین تولید می‌شود، بلکه هر آن چیزی است که توسط دین‌داران و با تکیه بر روش‌های دینی بتواند در جهت و خدمت اهداف دینی قرار گیرد و منافع آن از مضارّش بیشتر باشد، اعم از اینکه توسط دین‌داران تولید شده باشد یا خیر. همچنان که علم بومی نیز علمی است که با روش‌های موجّه بتواند به‌صورت حداکثری به خدمت نظام هنجاری بومی درآید، حتی اگر خارج از بوم مذکور تولید شده باشد. علم، پدیده‌ای انسانی است و درست به همین علت، آغاز و انجام نداشته است، بلکه بستر و دامان و نیز نشانه و لوازم و نتایج دارد. پدیده‌های انسانی را باید مناسب با زندگی و ساختار وجودی انسان تعبیر و تفسیر نمود؛ همچنان‌که زندگی انسان را نمی‌توان برش‌هایی ثابت از غم، شادی، اوج، فرود و... زد، پس علم انسانی را نیز نمی‌توان فصل‌بندی کرد. از این‌رو، «تصور خطی و انباشتی از علم» تصوری اشتباه بوده، همچنان‌که تصور کانونی از آن - بدین معنی که علم را منتسب به کانون خاصی مثل حوزه یا دانشگاه بدانیم - نیز اشتباه است. علم بزرگتر و پیچیده‌تر از آن است که به اسارت قالب‌های کانونی درآید. تاریخ علم نیز به‌خوبی گواه است که کشف‌های مهم و اساسی علم عمدتاً خارج از ساختارهای کانونی حوزوی و دانشگاهی صورت گرفته است. اهل علم، ضمن تلاش برای استفاده حداکثری از ظرفیت‌ کانون‌های مذکور، باید توجه داشته باشند که ساختارها و مفاهیم ویژه آن‌ها برای پروژه تولید علم، رهزن نشوند. افتراق فهم و علم لازم است میان «فهم» و «علم» تفاوت قائل شد. فهم، نخستین مراحل ادراک آدمی را شامل شده و می‌تواند بدون تأمل و اراده حاصل شود. البته تکوین فهم، تصادفی نبوده و مناسب با شرایط و زمینه‌های محیطی، روان‌شناختی و ژنتیکی انسان صورت می‌گیرد. این در حالی است که علم مسبوق به تأمل، انتخاب و اراده بوده و یک «پروژه» است و می‌توان برای تحقق سرعت و جهتش برنامه‌ریزی کرد. علم، پدیده‌ای «تصادفی» نیست و البته قاعده‌مند بودنش نیز نه بدین معنی است که بتوان با کشف فرمول‌های عام نسخه‌های زیادی از آن را به‌صورت استاندارد تولید کرد. فهم، از شئون وجودی انسان است و وجود انسان هرچند برای تکاملش نیازمند به نظم بوده، اما به راحتی کلاسه و فرمولیته نمی‌شود. این در حالی است که علم - چیزی که در دانشگاه‌ها و حوزه‌های علمیه تدریس می‌شود -همان فهم کلاسه شده‌ است. رسالت اصلی کانون‌های علمی، مهیا کردن زمینه و بستری است که انسان را مستعد فهم می‌کند و نباید برنامه‌ریزی این کانون‌ها صرفاً در حد تحصیل علم موجود تقلیل یابد. تقویت استعدادهای فهم است که زمینه را برای گذار از علم موجود فراهم می‌کند. در دانشگاه‌ها و حوزه‌های علمیه تلاش می‌شود تا علوم را از «مبانی» تا «مآلی» بیاموزند و پاسداری کنند. درحالی‌که توجه به علم از مرحله مبانی، یک توجه میانی بوده و لازم است قبل از توجه به مبانی، به «بنیاد و بنیان» علم توجه شود. اینکه چه علمی درست و مفید است متفاوت از این است که علم چگونه حاصل می‌شود. تأمل در زمینه‌ها و مقدمات حصول علم باید مقدم بر تأمل در جهت آن باشد. علم نحوه نسبت آدم با عالَم و به تعبیر بهتر، محصول یگانگی عالِم و عالَم است. هرگونه تلاشی برای تولید علم باید مسبوق به تأمل در نسبت عالِم و عالَم باشد؛ چراکه اگر غیر از این باشد، مثل خانه‌ای زیبا و محکم روی بنیانی سست خواهد بود. مولفه‌هایی که استعدادهای زمینه‌ای فهم را فعال می‌کنند، عبارتند از: دین، فلسفه، هنر و زبان که به نظر می‌رسد با اینکه قلمروهای متفاوتی دارند، اما همه آن‌ها بازتاب یک حقیقت بوده و هر کدام زمینه‌ساز دیگری هستند. قوام آدمی و عالم وی از طریق هماهنگی چهار مولفه مذکور صورت می‌‌گیرد و در هر کدام از آن‌ها که اضطرابی حاصل شود، دیگران را نیز متاثر می‌کند. از آنجا که علم یک «منظومه» است، نباید آن را به‌صورت «گزاره‌ای» مورد تحلیل و بررسی قرار داد، بلکه لازم است شبکه علوم مورد ارزیابی قرار گیرند. روش صحیح ارزیابی نظریه‌های علمی، ملاحظه آن‌ها در کنار همه «پیوست‌های فرهنگی»‌شان است؛ همچنان‌که ورود تکنولوژی به یک منطقه همواره به همراه پیوست‌های فرهنگی آن بوده، ورود یک نظریه علمی نیز چنین است. اساساً یکی از مهمترین آسیب‌های روش‌شناختی ما در قبال علم، غفلت از ویژگی هارمونیک آن و بسندگی به ارزیابی بخشی از آن است. به لحاظ تاریخی نیز، بسیاری از موافقت‌ها و مخالفت‌ها با نظریه‌های علمی نه با خود آن‌ها، بلکه با پیوست‌های فرهنگی آن‌ها صورت گرفته است. به‌عنوان مثال؛ مخالفت کلیسا با نظریه گالیله به‌دلیل دلالت‌های کلامی-فرهنگی آن بود که باعث می‌شد آسمان به دلیل حرکت و تغییر، مثل زمین ناکامل تلقی شود. همچنان‌که مخالفت برخی از کشورهای غیرغربی با تکنولوژی غرب نیز بیشتر به‌دلیل پیامدهای فرهنگی آن است.