وی با بیان اینکه دین و علم دو دستگاه معنایی جدا نیستند و آنها در ذهن دو فضای شناختی خاص را ترسیم می کنند که با هم روابط بسیار پیچیده دارند، گفت: این دو فضا با هم به طور شناختی تلفیق می شوند و از این تلفیق و آمیختگی فضای دیگری حاصل می آید که علم دینی نام دارد و این نکته نشان می دهد که علم دینی صرفا حاصل تاثیر مبانی خاص دینی در علم نیست و تاثیر دین در علم بسیار پیچیده است. رئیس پژوهشکده حکمت اسلامی پژوهشگاه فرهنگ و اندیشه اسلامی با این ادعا که تاثیر دین در علم بیرونی یا درونی است، ادامه داد: به عبارت دیگر، دین ممکن است در روی صحنه علم تاثیر بگذارد یا در پشت صحنه علم. وی، مراد از تأثیر بیرونی را تأثیر در مبانی فلسفی و مبادی مابعدالطبیعی علم و ارزش های حاکم بر علم معرفی کرد و درباره تاثیر درونی گفت: مراد از تأثیر در روی صحنه علم، تاثیر در محتوای درونی علم ـ تاثیر در نظریات و مدل ها و تلفیق ها و مسائل و غیره ـ است و دین درون خود ایده های فلسفی و مابعدالطبیعی خاصی دارد و با هر مبنای فلسفی همخوان نیست. علم در مواجهه با دین رنگ آن ایده ها و مبانی را می گیرد. سردبیر فصلنامه ذهن، با اشاره به اینکه دین در دو سطح بیرونی با متافیزیک علم تماس پیدا می کند، اظهار داشت: این تماس یکی در سطح مبانی و مبادی متافیزیکی علم و دیگر، در سطح متافیزیک حاصل از علم است. وی در همین باره افزود: علم، همان طوری که بر متافیزیک خاصی مبتنی است، برای برخی، منبع الهام بخش متافیزیک خاصی هم شده است. گاهی دین با این نوع متافیزیک های ثانوی نیز تماس پیدا می کند و معمولا میان متافیزیک ثانوی و علم فاصله وجود دارد و نتایج مابعدالطبیعی هم در پرتو پیش فرضهای مابعدالطبیعی خاصی از دستاوردهای علم حاصل آمده است. قائمی نیا در ادامه با تاکید براینکه تأثیر ارزشی دین ـ تاثیر در ارزش های حاکم بر علم ـ محدود به سطح خاصی نیست، اظهار داشت: دین می تواند دست کم در چهار سطح علم، یعنی جمع آوری داده ها و مقوله بندی داده ها و روش های گزینش نظریات در علم و تبیین رفتار عاملان تاثیر بگذارد. مؤلف کتاب معناشناسی شناختی قرآن، در ادامه سخنانش برای تبیین نظریه خود، با این مقدمه که تاثیر درونی هم، یا تاثیر مفهومی است و یا نظری، گفت: در تأثیر مفهومی، دین در دستگاه مفهومی علم و در تصورات و مقوله بندی آن دست برده، آن را دگرگون می سازد. وی در همین باره افزود: به عبارت دیگر، دین طرح مفهومی جدید در علم در می افکند و دستگاه مفهومی تازه ای را به علم عرضه می کند، اما در تاثیر نظری، دین در محتوای تصدیقی و در فرضیه ها و نظریات و مدل ها و غیره دست می برد. قائمی نیا در بخش دیگری از سخنانش، با اشاره به اینکه علوم تجربی رابطه مدلولی، و علوم انسانی رابطه کل گرایانه با دین دارند، گفت: از این رو، دین در علوم طبیعی و تجربی انقلاب مفهومی به بار نمی آورد، ولی می تواند در علوم انسانی انقلاب مفهومی به راه بیندازد. مولف کتاب نگرش های نوین در فلسفه، با بیان این ادعا که ارتباط درونی دین با علم ممکن است به معنای تحت اللفظی و یا غیرتحت اللفظی (استعاری) باشد، در این باره توضیح داد: بدین معنا که گاهی ممکن است باورهای دینی و مضمون کتاب و سنت در درونمایه علم به طور مستقیم و صریح تاثیر بگذارد (ارتباط تحت اللفظی) و یا به طور ناپیدا و غیر مستقیم در آن دست ببرد. وی ادامه داد: در ارتباط درونی، دین می تواند در فرایند فرضیه یابی و تبیین و تفسیر و در استعاره ها و مدل های علمی تاثیر بگذارد و پیدایش تلفیق های مفهومی جدیدی را موجب گردد. مولف کتاب خاستگاه دین، بر این باور بود که در تلفیق، میان فضای علم و فضای دین، روابط و نگاشت هایی برقرار می شود و سپس، فضای مفهومی جدیدی به وجود می آید. امکان تلفیق مفهومی علم و دین همواره در علم وجود دارد و موجب می گردد که فضاهای مفهومی جدیدی در علم پیدا شود. قائمی نیا، با اشاره به اینکه علم دینی تنها با فرض واقع گرایی همخوان است، گفت: علم با واقعیت هایی طبیعی یا اجتماعی سر و کار دارد و در پاره ای از موارد به آن واقعیت ها دست می یابد. وی افزود: واقع گرایی در علم دینی را نباید بدین معنا دانست که هر جزیی از علم با جزئی از عالم خارج یا با جزئی از واقعیت مورد نظر متناظر است. مولف کتاب بیولوژی نص، با تاکید بر اینکه معماری علم دینی به طور تدریجی صورت می گیرد، گفت: علم یک فرایند تاریخی تدریجی است و هیچ گاه نباید انتظار داشت که علم دینی به نحو مطلق و یکجا صورت گیرد، بلکه مهندسی علم جزء به جزء و تدریجی صورت می گیرد. مهندسی علم به طور مطلق و یکجا امکان پذیر نیست. شکل گیری پارادایم ها و فرضیات و مدل ها و غیره هم تدریجی اند. وی در همین باره افزود: ما همواره با علم های دینی رو به رو می شویم؛ فی المثل اقتصاد اسلامی یا انسان شناسی اسلامی واحد ـ بر فرض تحقق این قبیل علوم ـ نخواهیم داشت، بلکه اقتصادهای اسلامی و انسان شناسی های اسلامی داریم و همواره باید در انتظار باشیم که اقتصادهای اسلامی و انسان شناسی های دیگری ظهور کند و بنابراین تکثر در علم اجتناب ناپذیر است. مولف کتاب تجربه دینی و گوهر دین، با بیان این ادعا که دین و علم رابطه مکانیکی و جبری ندارند، اظهار داشت: در این رابطه خلاقیت آدمی و روش های بشری در این میان فاصله افکنده اند و سرشت علم با تکثر عجین شده است و آن گونه که رئالیست های خام می گفتند، علم، آینه تمام نمای واقع نیست، بلکه علم آمیزه ای از کاشفیت و خلاقیت است و خلاقیت عالم نیز در علم تاثیر دارد و دانشمند تلاش می کند تا عالمی نزدیک به عالم واقع بسازد و عالم او هرگز انطباق کامل با عالم واقع نخواهد داشت. وی ادامه داد: سخن فوق، معنای اسلامی بودن علم را نشان می دهد. اسلامی بودن علم هرگز به معنای انطباق کامل آن با دین یا واقع نیست؛ چرا که علم، هر چه باشد، تا حدی حاصل خلاقیت عالم بوده، آمیزه ای از کاشفیت و خلاقیت است. دینی بودن، بیشتر حدود علم را نشان می دهد تا انطباق کامل محتوا را. علم در چارچوبش از حدودی فراتر نمی رود و علم دینی به مثابه شبکه ای است که دین در مرزهای آن قرار دارد. دانشمند درون این شبکه را با خلاقیت خود و از ترکیب اطلاعاتی که از زمینه های دیگر حاصل می آید، پر می کند. رئیس پژوهشکده حکمت اسلامی پژوهشگاه فرهنگ و اندیشه اسلامی، با تاکید بر اینکه بسیاری از کسانی که درباره علم دینی سخن گفته اند، رویکردی کلامی به مساله داشته اند، و از این باب وارد بحث شده اند که ببینند از دین چه انتظاری باید داشت، اظهار داشت: اگر دین را پدیده ای حداکثری در نظر بگیریم، به طور طبیعی باید انتظار داشته باشیم که دین، جامعه شناسی، اقتصاد و طب و غیره را نیز به ما بدهد. اگر هم دین پدیده ای حداقلی باشد، نباید انتظار داشته باشیم که علومی از این قبیل در دین باشد. وی با اشاره به اینکه رویکرد کلامی در تبیین وضعیت علم دینی از نوعی مغالطه ناشی می شود، افزود: برای ایضاح این مغالطه باید به رویکرد بدیل توجه کرد. رویکردی که در این اثر برای تعیین تکلیف علم دینی مبنا قرار گرفته رویکرد معرفت شناختی است. معرفت علمی باید مورد تحلیل معرفت شناختی قرار بگیرد و تحلیل سازوکار معرفت علمی و این که علم چیست و چگونه شکل می گیرد، می تواند سرنوشت علم دینی را روشن سازد. وی در پایان سخنانش با تاکید بر اینکه در رویکرد معرفت شناختی وارد حوزه فلسفه علم، به معنای وسیع که شامل علوم طبیعی و انسانی است، می شویم و با انبوهی از مباحث پیرامون سرشت علم جدید و کالبد شکافی آن رو به رو می شویم، گفت: برای تبیین علم دینی باید به سرشت علم جدید و مباحث فلسفه علم توجه کرد. خود علم دینی هم مشمول مباحث فلسفه علم می شود و باید به سرشت آن و نحوه شکل گیری اش توجه کرد و فلسفه در این چارچوب ابزاری برای حل مسایل مفهومی بنیادی راجع به علم است.