برنامه‌ریزی و راهبري جهت تحقق نظام جامع آموزشِ پژوهش محور با رويكرد حل مسئله و نگاه آینده‌نگرانه، با توجه به حاكميت اخلاق و سنت‌های اصيل حوزوي، و بر اساس تفاوت‌های سني و استعدادي افراد؛ برنامه‌ریزی در جهت کارآمد سازی و کاربردی سازی علوم اسلامي و توليد دانش تمدني با تأكيد بر رويكرد بین‌رشته‌ای و بازتوليد متون غني و كارآمد، از مأموریت‌های محوری معاونت علمی حوزه علمیه خراسان در سازمان نمای جدید مرکز مدیریت است. برنامه‌ریزی و توسعه زیرساخت‌های آموزشي جهت تحقق نظام جامع آموزش و پيشتازي حوزه در عرصه تفسير، علوم و معارف قرآني، حديثي، ادبيات عربي، خطابه و تبليغ، فقه و اصول؛ فلسفه و كلام اسلامي، باوجود نظام گزينش مطلوبِ نخبگاني و برخورداري از رويكرد بین‌رشته‌ای و متنوع و نیز، پرورش نيروهاي علمي و متخصص با بهره‌گیری از روش‌های نوين آموزشي ضمن حفظ سنت‌های اصيل حوزوي، جهت پاسخ به نيازهاي حوزه، جامعه، نظام اسلامي و نظام بین‌الملل و گسترش، تعميق و کاربردی سازي علوم حوزوي؛ به‌عنوان مأموریت‌های محوری در « مدیریت برنامه‌ریزی و نظارت آموزشی» مطرح‌شده است. برنامه‌ریزی در جهت نظام تحقيقاِت محصول محور و برخوردار از برنامه‌های مدون و جامع تربيت پژوهشگر در سطوح و عرصه‌های مختلف پژوهشي؛ برنامه‌ریزی در جهت ارتقاء كيفي و كمي پژوهش‌های ديني در حوزه علميه خراسان به‌منظور پاسخگويي به نيازهاي جامعه، انقلاب و نظام اسلامي و عرصه بین‌الملل؛ برنامه‌ریزی جهت توسعه زیرساخت‌های پژوهشي، فرهنگ‌سازی پژوهش و عملياتي سازي آموزش پژوهش محور؛ از مأموریت‌های محوری « مديريت پژوهش و توسعه علمي» در ساختار جدید است. برنامه‌ریزی جهت اجراي مناسب فرايند اعطاء مجوزها به مجموعه‌های علمي و پژوهشي و توسعه و تقويت متوازن، هدفمند و هماهنگ مراكز علمي وابسته به حوزه علميه خراسان؛ برنامه‌ریزی در جهت بازتوليد متون آموزشي با رويكرد کاربردی سازی و توليد متون آموزشي مناسب در ارتباط با اسلامی سازی علوم انساني و پاسخ به نيازهاي نظام اسلامي؛ به‌عنوان مأموریت‌های محوری « مديريت مجموعه‌های علمي» بیان‌شده است. همچنین؛ برنامه‌ریزی در جهت توانمندسازي اساتيد به‌عنوان نقش‌آفرینان اصلي ساحت تعليم و تربيت طلاب، و ارتقاء مراتب علمي ايشان؛ برنامه‌ریزی جهت استعداديابي، هدايت و حمايت مادي و معنوي از فرهيختگان و نخبگان حوزه علميه خراسان و توسعه نقش‌آفرینی ايشان در مديريت زیست‌بوم تحولي حوزه علميه خراسان در زمینه‌های مختلف توليد علم و تأثيرگذاري فرهنگي و تبليغي؛ از مأموریت‌های محوری « مديريت اساتيد و نخبگان» در ساختار جدید مرکز مدیریت است. بر اساس این گزارش، حجج‌اسلام مهدی صالحی مقدم به‌عنوان « مديريت برنامه‌ریزی و نظارت آموزشي»، حمید ایزدی « مدیریت اساتید و نخبگان»، محمدرضا علیزاده مقدم « مدیریت مجموعه‌های علمی» و همچنین هادی حصاری به‌عنوان « مدیریت پژوهش و توسعه علمی» در این معاونت معرفی شدند.