وی در ادامه با اشاره به اسناد و طرح های پژوهشی حوزه های علمیه، ابراز کرد: برای رقم خوردن اتفاقات مهم و خوب در عرصه پژوهش نیازمند همکاری بخش های مختلف معاونت پژوهش با مسائل درختواره دانشی حوزه های علمیه هستیم. آیت الله اعرافی با اشاره به لزوم همکاری حوزه های علمیه با پژوهشگاه هایی همانند پژوهشگاه فقه نظام، مسئله رتبه بندی پژوهشگران را مورد توجه قرار داد و بیان کرد: رتبه بندی پژوهشگران از دوران آقای میرمعزی آغاز شده و این مسئله با ادبیات حوزه استمرار خواهد یافت و به زودی نظام رتبه بندی و طبقه بندی شکل خواهد گرفت. مدیر حوزه های علمیه سراسر کشور تأکید کرد: در رابطه با مسئله رتبه بندی مراکز و مؤسسات پژوهشی نیز باید گفت که با شاخص ها و ضوابط خودمان جایگاه پژوهشی مراکز را مشخص می کنیم. وی در ادامه با اشاره به ضرورت گشودن عرصه های جدید در پژوهش های حوزه، کارکرد پژوهشکده مطالعات راهبردی روحانیت را مورد توجه قرار داد و گفت: برای شناخت حوزه و روحانیت، آسیب ها و مسائل آن مطالعات فراوانی را توسط دیگران شاهد هستیم؛ همچنین در موضوعاتی همچون سبک زندگی، اقتصاد مقاومتی و ... روزنه هایی باز شده و استمرار خواهد یافت. آیت الله اعرافی همچنین به بیان نکاتی در خصوص جشنواره کتاب سال، فقه معاصر، سامانه تقریر و ضورت ارتقای آن به عنوان بازار علم حوزه، افزایش مراکز پژوهشی، مجلات، انجمن ها و حکم ها، پژوهش سراها، علم سنجی، طرح خروجی و ماندگاری هدفمند، هوش مصنوعی، هدفمندی ناظر به پژوهش، نمره های پژوهشی برای امتحانات شفاهی، گروه های علمی و ارجاع پایان نامه ها به مراکز پرداخت. مدیر حوزه های علمیه سراسر کشور با اشاره به مسئله علم سنجی بیان کرد: علم سنجی و اسلامی سازی علوم انسانی باید از سوی حوزه انجام گیرد و نمی توانیم اجازه دهیم این کار را دیگران برای ما انجام دهند. وی در ادامه ضمن بیان این نکته که علی رغم کارهای بسیار خوب انجام شده در عرصه پژوهش، اما حوزه با قله های پژوهش فاصله بسیاری دارد، تصریح کرد: ما در همه عرصه های حوزوی مانند تبلیغ، آموزش و ... نیازمند یاری پژوهش هستیم. آیت الله اعرافی خطاب به مدیران مدارس و معاون پژوهش حوزه گفت: ما ایفای دو نقش را از شما انتظار داریم؛ یک این که کارها و طرح های خود و آنچه به شما ابلاغ می شود را پیگیری کنید و دو این که سراغ مسئله آموزش رفته و سعی داشته باشید با وفاق و همدلی مسئولان آموزش، آن را پژوهش محور کنید. وی با اشاره به نقش «اصول» در دقت و ظرافت های علمی طلاب، عنوان کرد: اصل کار متولیان پژوهش این است که نظام آموزشی را معطوف به پژوهش سازند. آیت الله اعرافی همچنین مسئله دروس خارج را مورد توجه قرار داد و با تأکید بر لزوم استفاده از ظرفیت این دروس برای تولید و پاسخگویی به نیازها، گفت: تلاش داریم در عرصه فقه معاصر نیز درس های آزاد تحقیقی با همان منهج سنتی دروس خارج داشته باشیم، زیرا فضای آزاد راه را برای تأمل، تحقیق و ابتکار باز می کند. وی ضرورت کشف مسائل اصلی مورد نیاز نظام و جامعه را مورد تأکید قرار داد و خاطرنشان کرد: پژوهشگران حوزوی باید عمق درد جامعه را پیدا کرده و برای آن راه حل ارائه دهند؛ پژوهش ها باید تولید عمیق، منهج دار و معطوف به نیازها داشته باشند، برای این منظور باید مسائل مورد نیاز جامعه و دنیا را بدانیم و برای آن ارائه بحث داشته باشیم.